Havforskningsinstituttets historie er knyttet tett til Fiskeridirektoratets historie da instituttet formelt var underlagt Fiskeridirektoratet fra 1900 til 1989. Direktoratets egen historie startet med Stortingets vedtak vedrørende opprettelsen av Norges Fiskeristyrelse som ble stadfestet ved Kronprinsregentens resolusjon den 26. mai 1900. Styrelsen, som i begynnelsen bestod av tre medlemmer, hadde som formål å fremme og utvikle det norske saltvannsfiskeriet og skulle samtidig støtte alle aktiviteter som var knyttet til dette målet. Som det lød i formålsparagrafen ble hovedvekten av arbeidet ved styrelsen, som i 1906 skiftet navn til Fiskeridirektoratet, lagt på et økonomisk innbringende havbruk.
Etter 2. verdenskrig etablerte også havforskning seg mer og mer som et eget emne ved Fiskeridirektoratet. Direktoratet ble dermed administrativt delt i to. Det fantes en administra tiv avdeling som skulle organisere den norske fiskeripolitikken samt den offentlige administ rasjonen av fiskeriene. Den nye vitenskapelige avdelingen skulle derimot ha ansvar for fiske riundersøkelsene. I 1947 førte bestrebelsene endelig til at havforskningen ved den vitenskapelige avdelingen organiserte seg i et eget institutt som da fikk navnet Fiskeridirektoratets Havforskningsinstitutt. Instituttet bestod av fem avdelinger som igjen ble omorganisert i 1968.
Det fantes nå ni avdelinger, basert på fagfelt, geografisk område og gruppering av fiskearter.
Først i 1989 ble forskningsinstituttet skilt ut fra Fiskeridirektoratet som Havforskningsinstituttet, og ble underlagt Fiskeridepartementet. Som følge av omdannelsesprosessen ble det opprettet et eget styre for instituttet. En felles organisasjons- og forvaltningshistorie førte til at både Fiskeridirektoratet og Havforskningsinstituttet i dag er lokalisert på Nordnes i Bergen, noe som ikke minst letter et tett praktisk samarbeid. Havforskningsinstituttet har siden 1989 utvidet sin kompetanse betraktelig og etablerte i 2003 en egen avdeling i Tromsø. I tillegg driver instituttet forsknings- og feltstasjoner i Austevoll (opprettet i 1978), i Matre, i Flødevigen ved Arendal og på Sæløy. Stasjonen i Flødevigen ble allerede opprettet i 1882, og er der med en av landets eldste marine forskningsstasjoner. Den har Skagerrak, Nordsjøen og kystsonen som sitt arbeidsområde, og var også den første som begynte med forsøk på oppdrett av fisk og skalldyr i Norge. Stasjonen i Matre ble etablert i 1971, og har forskning på laks som sin hovedoppgave. Feltstasjonen på Sæløy i Øygarden kommune er ledende innen utvikling av torskeoppdrett, og tok opp sitt arbeid i 1987.
